結論から言うと、欠勤控除の方法については法律上の規定がないため、土日祝日に欠勤控除を行うこと自体が法律違反となることはありません。ただし、通達により最低保証を上回る控除をしてはならない旨が規定されています。

“欠勤期間に対する賃金の控除額は、施行規則第19条に定める方法によって計算した金額を超えることを得ない（基収6054号抜粋）”

労働基準法施行規則第19条には、通常の労働時間又は通常の労働日の賃金の計算額について規定されています。例えば、月によって定められた賃金については、その金額を月における所定労働時間数（月によって所定労働時間数が異なる場合には、一年間における一月平均所定労働時間数）で除した金額を指します。

質問の内容を鑑みるに、法定の最低補償額を上回った控除は行われていないものと考えられますので、法的な問題は生じません。

ただし、従業員からクレームがきているとのことですので、十分な説明をする必要があるでしょう。なぜこのような欠勤控除の方法を規定したのか、合理的な理由を説明して納得いただいた上で就業規則の通りに運用をすることが望ましいでしょう。