就業規則や労働協定、労働契約等に規定があればそれらに従いますが、規定がなければノーワーク･ノーペイの原則が適用されます。

会社に責任がある休業の場合には、従業員は休業手当として賃金の6割を請求することができますが、台風などの自然災害などによる休業に関しては会社側に責任が無いとされるため、社員に当日の給与を払う必要はありません。
したがって、今回のように台風により飛行機が欠航した場合も賃金は発生せず欠勤扱いとなります。

また、従業員より年次有休休暇（以下有休）にあてたいという申し出があった場合には、就業規則等に有休事後振替の規定があればその規定に即した手続きを行います。
就業規則等に有休の事後振替についての規定がなければ、本来会社側に有休取得の時後承認の義務はありません。
ただし、急病等のやむを得ない事情があった場合に、慣習的に有休として事後処理することを認めているのであれば、今回のように天候により通勤が不可能になった場合も、有休として処理する方が望ましいでしょう。