回答いたします。
派遣元である御社に該当の制度がない場合、派遣先のフレックスタイム制をそのまま適用して給与計算を行うことはできません。原則として御社の従来の計算基準（1日8時間・週40時間超は割増賃金の対象）で給与計算を行う必要があります。

理由として、派遣社員の労働時間に関しては派遣先のルールが適用されますが、実際にフレックスタイム制（変形労働時間制）として有効に機能させるためには、労働契約を結んでいる「派遣元（御社）」において、就業規則への規定と労使協定の締結・届出必須となっているためです。これらがない状態で派遣先の計算に合わせると、割増賃金の未払い等となるリスクがあります。

また、御社に制度がないまま給与計算を行う場合、労働者へは「1日8時間・週40時間」を超える労働に対して日ごとに割増賃金を支払う義務があります。一方、派遣先とは「月の総労働時間」で料金精算を行うため、日々の時間外労働の判定にズレが生じます。結果として、「派遣先への請求額」よりも「労働者への給与支払額」が上回り、その差額を御社が自社負担しなければならないというコストリスクが発生します。

派遣先の運用に合わせて適正な給与計算を行いたい場合は、御社において以下の手続きを行う必要があります。
• 就業規則への規定（常時10人以上の事業場であれば労基署への届出が必要。10人未満であれば社内周知のみで可）
• フレックスタイム制に関する労使協定の締結（清算期間が1か月以内の場合は届出不要、締結のみで有効）
• 労働者派遣契約（個別契約）および就業条件明示書への「フレックスタイム制を適用する旨」の記載
なお、この制度は全社一律で導入する必要はありません。労使協定の中で「派遣先においてフレックスタイム制が適用される業務に従事する労働者」のように対象範囲を限定して規定することで、関係のない他の派遣先や内勤社員を除外して、特定の対象者のみにピンポイントで適用することが可能です。