定期健康診断については『労働安全衛生規則』第44条に「事業者は常時使用する労働者に対して医師による健康診断を行わなければならない」と規定しており、この定期健康診断を事業者（会社）に実施を義務づけられている以上、費用は事業者が負担するべきものとされています。

ご質問にある育児休業中や傷病による休職者に対して、定期健康診断を適用除外する規定はありませんので、定期健康診断の対象となりますが『育児休業等により休業中の労働者に係る健康診断の取扱いについて』（平4.3.13　基発第115号）において、育児休業や療養等により休業中の労働者に係る労働安全衛生法の健康診断（定期一般健康診断のほか、特殊健康診断などが含まれます）やじん肺法の定期健康診断及び指導勧奨による特殊健康診断の取扱いについて、「定期健康診断を実施すべき時期に、労働者が、育児休業、療養等により休業中の場合には、定期健康診断を実施しなくてもさしつかえないものであること」と示されており、休業により定期健康診断を実施しなかった場合には、休業終了後速やかに当該社員に対し定期健康診断を実施した上、費用については法律で定められた健康診断であるため、事業者が負担することになります。
よって社員の自己負担とするのは不利益な取り扱いになります。

また、定期健康診断の中の一般健康診断については一般的な健康確保を目的として事業者に実施義務を課したものなので、業務遂行との直接の関連において行われるものではないため、受診のための時間の賃金は労使間の協議によって定めるべきものになりますが、円滑な受診を考えれば、受診に要した時間の賃金を事業者が支払うことが望ましいといわれています。