お問い合わせの件につきまして、結論から申し上げますと、給与計算時における非課税通勤費の計算方法の見直しが必要となるかと存じます。

令和8年4月1日以後に支払われるべき通勤手当から適用される通勤手当の非課税限度額の改正では、主に以下の2点が改正されます。

①通勤距離が片道65km以上の人の非課税限度額の引き上げ
②一定の要件を満たす駐車場等を利用している人について、1か月当たりの駐車場等の料金相当額を非課税限度額に加算（上限5,000円）

①については、給与計算における、通勤距離に応じた非課税限度額の金額を変更するのみのご対応となります。
一方で、②については、従来の通勤距離に応じた非課税限度額に、駐車場等の料金相当額を加算することとなるため、給与計算時の非課税額の計算方法の見直しが必要となります。

マイカー等の通勤器具を使用して通勤している方が、一定の要件を満たす駐車場等を利用している場合、非課税通勤費の計算は以下のとおりとなります。

非課税限度額 ＝ 通勤距離に応じた非課税限度額 ＋ 駐車場等の料金相当額（上限5,000円）

【例】
（1）通勤距離20km、駐車場代4,000円の場合
　　 非課税限度額：13,500円 ＋ 4,000円 ＝ 17,500円

（2）通勤距離20km、駐車場代7,000円の場合
　　 非課税限度額：13,500円 ＋ 5,000円 ＝ 18,500円

例（1）の場合は、駐車場代4,000円をそのまま加算した金額が非課税限度額となります。
一方で、例（2）の場合は、駐車場等の料金相当額として加算できる金額の上限が5,000円であるため、実際の駐車場代が7,000円であっても、加算額は5,000円となります。

このように、改正後の通勤手当の非課税限度額の計算においては、まず駐車場等の料金相当額のうち加算できる金額を算出し、その金額を通勤距離に応じた非課税限度額に加算する必要があります。

そのため、実際の給与計算においては、少なくとも以下の対応が必要になると考えられます。

①通勤手当として支給する駐車場代を登録するための給与項目の追加
②駐車場代を非課税限度額に加算するための計算式の修正
③駐車場等の利用状況や料金額を確認・管理する運用の整備

また、給与計算方法の変更等に伴い、従業員の方への周知が必要になる場合もございます。
今回の改正は、給与計算式の変更を伴う可能性がある改正ですので、給与計算システムや通勤手当の管理方法等をご確認のうえ、正しく計算が行われるよう対応することが重要かと存じます。