貴社の社内規程を元に、具体的な数字で整理してみましょう。

【社内規程】
休日　土日祝
賃金締日　末日
基本給当　300,000円
日割計算　基本給等*在籍日数/歴日数
欠勤控除　基本給等*欠勤日数/月平均労働日数(20日)

【支給額】
日割支給　300,000*3(4月28,29,30日)/30＝30,000円　4/29,30日は休日
欠勤控除　300,000*1/20=15,000円
差引支給　日割支給-欠勤控除=15,000円

上記のように、日割計算と欠勤控除の計算結果の差から支給額が発生する、という状況になっています。
この原因は日割計算と欠勤控除の分母の相違によります。

まず、ご本人への支給を考える根拠として、「ノーワーク・ノーペイ」の原則がございます。これは労働契約法第6条の通称で、「労働者が労働し、使用者がこれに対して賃金を支払う」ことの反対理念となるものです。
つまり、労働者の労働の提供がない以上、使用者が賃金を支払う義務は負わない、という解釈となります。（有給休暇等は例外）
しかしながら、貴社の社内規程では上記のような計算結果が導かれることから、ご本人への丁寧な説明の上、了解をいただくのがよろしいかと存じます。

また、今回のような私傷病休職からの復職であれば、ならし期間等の対策を含めた復職支援プログラムを導入、その上で復職発令の日を調整する、という方法も併せてご検討いただければと存じます。