海外法人からの支払いの場合であっても、その支払いの根拠が国内法人の規程によるものであれば、社会保険の報酬として含みます。

国内法人、海外法人の双方より、給与の支払いがある場合、社会保険の対象となる報酬額に算入するか否かは下記のような基準で判断されます。

1.国内法人の給与規程に基づき、国内法人または海外法人が支給→報酬に算入する
2.海外法人の給与規程に基づく支給→適用事業所ではない事業所からの支給となるため
　　　　　　　　　　　　　　　　　報酬額に算入しない。

　ご相談頂きましたケースの場合、上記1のケースに該当し、社会保険の対象である標準報酬に含める形でよろしいかと存じますが、一度、現状支払われている海外勤務手当が給与規程に基づく支給なのか、ご確認されるのがよろしいかと存じます。
　また、今まで子会社(海外)からの支払いがなかった場合、海外の社会保障制度に基づく社会保険料の徴収がされる可能性がございますので、社会保険の二重加入を防止するため、社会保障協定の手続きについてもご確認されることをお勧めいたします。