ご質問の件ですが、年度の途中で運用を変更すると、二次検診を受ける時期により、全額負担してもらえた社員と一部負担で自己負担がある社員とが発生することになると思います。
二次検診受診の時期により取り扱いが異なってしまうのは社員に不公平感が生じることになります。
上記のような理由から、次年度より制度の改正を周知し、補助金上限を超える部分については個人負担とした方が良いと思います。
ただし、二次検診を受信した社員が今年度一人もおらず、これから、社員の一次検診が始まるというのであれば、もう一度全体告知をし今年度から変更することは可能だと思いますが、その場合、例えば会社の財政事情が苦しいため等何らかの理由がないと社員の理解が得られない場合があると思います。

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