交通費の支給については法律に特段の定めはなく、会社が任意に定めることが出来ますが、多くの場合従業員が通勤に要した費用を実費で支払うケースが殆どだと考えます。
とすれば、通勤の頻度が減る＝従業員が通勤に要する費用も減ることになり、それに伴い会社が支給する通勤費が減額されるされることは一概に不合理とは言えず、不利益変更にはあたらないと考えます。
しかし、前払いだったものが後払いになる、ということは少なからず従業員にネガティブなインパクトを与えます。なので、制度の変更の前に必ず従業員に説明を行い、理解を得ることが必要です。

通勤費にかかる社会保険の取り扱いについては、現在の社会保険制度上、支給方法、勘定科目の違いを問わず、通勤（自宅と主たる勤務先との行き来）に対する支給は、実費弁償であっても社会保険の報酬に該当します。
そもそも通勤費は、通勤に要する費用を支弁するために支給される手当であり、「労働の対償」として支払われるものとして、労働基準法上の「賃金」の一部として整理されています。
一方、社会保険の報酬に該当しない出張旅費等は通勤費と異なり、通常使用者が負担すべきものとして現物又は実費弁償で支給されることから、「労働の対償」としての「賃金」の一部にはならないと解されています。
この解釈から通勤費は労働の対償＝社会保険の報酬に該当すると理解されます。