随時改定は通常、固定的賃金の変動が発生したタイミングで行いますが、ご相談のように、会社側の手違いで発生のタイミングが遅くなった場合には遡って手続きを行うことになります。よって、本来の固定的賃金の変動が発生する、7月・8月・9月の金額での手続きとなります。
申請を行う際には、備考欄に「8月支給分にて7月分の過払い分○万円を控除」などと記載頂くとお手続きがスムーズに行えるかと存じます。
添付書類に関しまして、以前は、60日以上遡っての手続きの場合に、賃金台帳と出勤簿(被保険者が法人の役員である場合は、取締役会の議事録等)の提出が必要でしたが、2019年よりこちらの添付書類は廃止されております。
以上、ご参考になれば幸いです。