ご質問の件、回答させて頂きます。

人事制度には、ある程度の流行等はありますが、どのような人事制度コンセプトにするかは、従業員構成や人事部ポリシー、如いては社長の想いにより異なります。
しかしながら、折角導入したからには、おっしゃるとおり利用率UPと定着浸透を図りたいものです。

コンセプトの考え方について一例を挙げさせて頂きますと、平均年齢が若く、時間外労働が比較的多い会社様では、『何よりも健康の大切を若いうちから知って欲しい』という熱い想いのある社長のもと、「健康と癒し」をテーマに福利厚生制度を策定されました。
（すべての施策には想いがおありになります）

具体的には、
・社内自動販売機において、水購入費用を半額補助
　（その他、産業医が推奨する飲料のみ一部補助）
・一定年齢以上の脳ドックおよび人間ドック全額補助（若年層は一部補助）
・マッサージ店利用時の一部補助
・クラブ活動費用補助
・全社イベントを毎月企画・実施
・メンタルヘルスチェックおよび研修の導入（入社時にも研修を実施）
・従業員面談やカウンセリング体制の強化
です。

併せて、今回ご質問に書かれているような年次有給休暇消化率を上げるための取り組みとして、7月～9月を取得推進期間として、各部門長へ部員メンバーの取得計画を出させるようにしています。
（年次有給休暇は自由に取得できるとは言っても、会社側が働きかけないと取得しづらいという方も中にはやはりいらっしゃいます。）

すべての施策は想いの詰まった施策を作るのか、現場をどう巻き込むかによって利用率UPし、定着浸透するのではないでしょうか。
御社に合った施策を是非ご検討ください。