本件は明らかな不正受給となりますので、余剰支給分の返還請求および御社の就業規則に則った厳正な対応をすべきです。
他の社員への影響を懸念されているようですが、通勤経路の明らかな虚偽申請による過剰な通勤費の受給に対して、他の社員が同様の行為を行うことを牽制し、ルールを遵守する意識を徹底させる上でも、御社規定に則った処分を確実に実施すべきでしょう。
その際、吊るし上げのような、後に禍根を残しうる対応は該当社員とのトラブルにも発展しかねないため慎重になる必要があります。
他の社員による不正受給の可能性ということであれば、全員を対象にした通勤経路のチェックの実施を検討されてはいかがでしょうか。
定期券のコピーをとり、申請された通勤経路との照合によりチェックを実施することで、不正受給のチェック、抑制が可能となります。
また、余剰分の通勤費の返還については、給与天引きによる方法がございますが、高額になりますので、全額返還が難しい場合、分割による返還等も検討されるべきでしょう。