今回の場合に限らず、労使協定の締結は事業場単位になります。
過半数を組織する労働組合がある事業場では問題はありませんが、過半数に満たない労働組合しかない場合は、複数の労働組合の労働者を合せれば過半数に達するのであれば、これら複数の労働組合代表が一つの協定書へ連署することで労使協定締結が可能です。

また、組合員でない非正規雇用者が事業場に多数占める場合は、労働組合の代表者を、労働者の過半数代表として締結することがよろしいでしょう。
この時、労働者代表を決める際には、投票・挙手等の労働者による自主的な方法により決定されるものであり、その代表の適格性を阻害する行為を会社が行ってはなりません。

尚、過半数を組織する労働組合との労使協定は労働協約の面をもつという考え方があり、その場合労働協約を締結した労働組合の組合員にのみ労働協約の規範的効力が及びます。それ以外の労働者については就業規則で定めるなど、時間外労働について規定する必要があります。

最後に、『１年単位の変形労働時間制』や『就業規則変更届（意見の聴取）』も同様の対応となります。