1. 社員が通勤時の運転で事故を起こした場合に会社も責任を負うのでしょうか。
→マイカーについては、通常、通勤にのみ認めている場合と、業務使用まで認めている場合とがあります。
業務使用まで認めていた場合は、企業がそのマイカーとの関係で何らかの支配を及ぼしており、何らかの利益を得ていれば会社も責任を負わされることがあります。
これに対して、会社が通勤・帰宅のマイカー使用のみ認めていた場合、会社は原則として責任を負うことはありません。
ただし、事故を起こした場合に会社に責任を一定程度認めている判例が見られることも事実です。
判例が言及しているのは企業がマイカー使用について積極的であったという事情です。
ここにはマイカー使用を会社が推奨していた、広く認められていた、駐車場を提供していたことの他にマイカー通勤にかかる費用を実費として認めていたなどの費用負担の面も関係してきます。
従って、通勤利用のみであっても会社が責任を問われる可能性があるという点にはご留意下さい。

2. 過労時に運転させないため、代わりとなる交通手段を記載する必要があるでしょうか。
→交通手段の代替に関する記述は特段求められておりませんが、過労であることを認識しながら出勤されること自体が違法行為となります。

3. 通勤時の事故は全て労災でしょうか。
→通勤災害時の労災保険を申請することはできます。
ただ、申請されている通勤経路とは全く異なるところでの事故などは労災扱いの申請は行えません。

4. マイカー通勤の許可については1年間を考えていますが、どのくらいの期間が妥当なのでしょうか。
→許可期間につきましては法律で明確な定めはございませんが、任意保険等の期間に合わせ1年間という期間でもよろしいかと思います。

5. 届出内容と変更が生じた場合はその都度変更届を申請してもらうべきでしょうか。
→会社に届け出ている内容に変更が生じた場合は都度速やかに提出することが望ましいです。
万が一、運転免許証の有効期限が失効したままであったり、任意保険の更新を忘れたままになっていた際に事故などが発生した場合、会社の責任も大きくなるからです。