休職期間中にベースアップ等による固定的賃金の変動があった場合、原則として休職が終了し通常の給与が支給されるようになった月を変動月とみなし、その月以降3ヶ月間の平均額によって随時改定を判定することとされています。
これは休職によって通常より低額な給与を受けている間は、固定的賃金の変動を適切に反映しているとはいえないことが理由となります。

当該社員の場合、
・休職により最低となった職務手当のグレードが復職後も継続し、その後通常勤務に戻り休職前と同じグレードとなった
・休職中にベースアップにより職務手当の額が上がった
という経緯がありますので、通常勤務に戻り職務手当のグレードが休職前と同じに戻った時点で変動があったとみなし、その月から3ヶ月の平均額で等級を計算し、2等級以上上がっているかを判定することとなります。

（参考）
標準報酬月額の定時決定及び随時改定の事務取扱いに関する事例集
随時改定について・問8
https://www.nenkin.go.jp/service/kounen/hokenryo/hoshu/20121017.files/jireisyu.pdf