非正規職員（有期契約職員）の雇用契約書内の賞与につきまして回答させていただきます。

まず御社で雇用契約書の賞与欄に「有・無」を記載している点は適切です。
しかし、雇用契約書に記載されてあれば何でも有効という訳ではございません。
理由としましては、パートタイム・有期雇用労働法第8条（不合理な待遇差の禁止）や第9条（差別的取扱いの禁止）に反する内容であれば、その部分は是正の対象となり得ます。

例えば、正社員と仕事内容・責任・人材活用の仕組み（異動・昇進の有無など）がほぼ同じなのに、有期契約職員であることだけを理由に「Ａさんは賞与あり、Ｂさんは賞与なし」としている場合、その違いについての説明が求められて合理的な説明できなければ問題になり得ます。

したがって、職員によって雇用契約書内の文言が相違していること自体は違法ではありませんが、合理的な理由が必要になります。有期契約職員であっても、同じ部署・同じ職務・同じ責任・同じ契約条件であるのに、単に採用時の交渉や担当者の裁量だけで賞与の有無が相違している場合に「有期契約職員だから、正社員ではないから」といった説明をしてしまうと不合理な待遇差と判断されるリスクが高くなります。

有期契約職員同士の支給・不支給の基準、賞与制度の趣旨・決定基準を、客観的・具体的に説明できる形で整理しておくことが重要となります。また、有期契約職員の中で賞与の有無が分かれる基準を規程で定めておくことを推奨させていただきます。

（以下、厚生労働省のホームページ）※同一労働同一賃金ガイドライン
https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/0000190591.html