ご質問の下記2点について回答をいたします。

　<1>休日の新人研修について、休憩のとり方が就業規則に定める時間と異なっているが問題ないか。
　　　◆就業規則上：12:00~13:00の1時間
　　　◆新人研修時　お昼30分＋別途一斉休憩10分×２回の20分　合計50分間
　　　ただし勤務時間も平常勤務時とは異なると推察される
　　　（ご質問中勤務時間が7時間30分とされていることから）
　<2>休日出勤扱いとなるので、残業代は休憩時間を差し引いた時間でよいか？

まず、<1>については休日出勤のため、所定労働時間とは異なりますので、法的に定められた休憩時間（今回労働時間が7.5時間のため45分間以上）を確保されているので、休憩時間を柔軟に設定することについては問題ないでしょう。

また<2>については、休憩時間は不就労のため、賃金支払の対象外となり、休憩時間を差し引いた時間に対して賃金を支払えば大丈夫です。支払うべき賃金単価については下記（補足１）をご参照ください。

　（補足１）「支払う賃金単価について」
　　　・今回の場合、研修を実施する土曜日が貴社内で法定休日か、法定外休日かにより異なります。
　　　・それぞれ、下記の通りの割増率に従い、割増賃金を支払う必要があります。
　　　　◆法定休日出勤の場合・・・割増率1.35倍
　　　　◆法定外休日の出勤の場合・・・週40時間を超えた部分については割増率1.25倍、 超えていない部分については通常の単価

　（補足２）「休日労働として割増賃金を支払う以外の対応について」
　　　・今回の休日における研修については、一般には下記の選択が可能です。
　　　　（１）休日振替
　　　　（２）代休の付与
　　　　（３）休日労働として休日労働割増賃金の支払い
　　　　（４）特別有給休暇の付与
　　　・今回のご質問では、上記（３）を前提としていますが、その他の対応についても補足として説明いたします。
　　　・新人研修のように、予めいつ研修を行うかが明確な場合においては、就業規則で定めておけば（１）とすることも可能です。
　　　・その日は本来の労働日とすることができるので、週40時間を超えない限り、 通常の単価で賃金を計算すれば問題ありません。（ただし4週4日の休日の確保が前提です）
　　　・上記の要件を満たさず（２）の対応をした場合は、休日振替と異なり、休日労働に対する割増賃金分（事前指定でないときは0.25または法定休日なら0.35）を支払う必要があるので注意が必要です。