マイカー・バイク・自転車などを使用して通勤している方が引越しによる通勤距離の変更で支払い済みの通勤手当に過不足が生じた場合、以下の手順で精算処理を行います。

　１．各月の実支給額と本来支給額を算出する
　２．各月の実支給額の非課税額・課税額と、本来支給する額の非課税額・課税額を算出し、
　　　それぞれの精算額を計算する
　３．賃金は全額払いの原則があるため、不足分は速やかに給与精算する

通勤手当の非課税限度額は支払月単位で計算しますが、今回のように過去にさかのぼって精算を行う場合は、本来の支払月単位で計算を行いますのでご注意ください。

ご参考：マイカー・バイク・自転車通勤時の非課税限度額
　 　 片道の通勤距離　　　　　　　　1ヶ月あたりの非課税限度額
　　　2km未満　　　　　　　　　　　　全額課税（通勤手当は所得税の課税対象となる）
　　　2km以上～10km未満　　　　　　　4,200円
　　　10km以上～15km未満　　　　　　 7,100円
　　　15km以上～25km未満 　　　　　　12,900円
　　　25km以上～35km未満 　　　　　　18,700円
　　　35km以上～45km未満　　　　　　 24,400円
　　　45km以上～55km未満　　　　　　 28,000円
　　　55km以上　　　　　　　　　　　　31,600円

なお通勤手当は報酬に含まれます。
そのため、固定的賃金として過去にさかのぼって随時改定の対象となる場合がありますので、ご確認ください。