今回のお話において、その社員様の今の状況が治ゆ(症状固定)している状態かどうかにも関わってくるかと思われますが、新たに書類作成を依頼されているという事は治ゆとして、一旦病院での治療については完了している状況であるかと思われます。
治ゆした上で、同一傷病について再度発症などをした場合は再発、として再度療養補償等を受けることが可能です。

傷病がいったん症状固定と認められた後に再び発症し、次のいずれの要件も満たす場合には「再発」として
再び療養（補償）等給付を受けることができます。
(1) その症状の悪化が、当初の業務または通勤による傷病と相当因果関係があると認められること
(2) 症状固定の時の状態からみて、明らかに症状が悪化していること
(3) 療養を行えば、その症状の改善が期待できると医学的に認められること

※出典
労災保険における傷病が「治ったとき」とは
https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/koyou_roudou/roudoukijun/gyousei/rousai/110427-1.html

今回のボルトを抜く処置についても同一傷病における処置の一環となる為、再発という扱いで手続をすること自体は問題ないと思われます。
ただし、それだけをもって療養補償等が受けられるかは別のお話となり上記に上げた3要件に該当するかどうかを労働基準監督署の方で調査されることになります。
ですので御社側の対応としては労災書式を作成し、ご本人様にお渡しする、という事で問題ないかと存じます。

また時効のお話がございますが、今回については療養(保障)給付のお話になるかと存じますが「療養の費用を支出した日ごとに請求権が発生し、その翌日から2年」と規定されています。これは事故が起こった日ではなく、療養の費用を支出した日からの時効となりますのでお怪我をされたのが4年前であっても今回これから病院に行かれるのであれば、その病院で治療をしてお支払いをされた日から2年、という意味合いになります。