1日の標準労働時間が7時間30分であってもフレックスタイム制での実際の労働時間の内、清算期間での法定労働時間の総枠を超えた時間数が時間外労働となりますので、御社様の場合の時間外労働（割増賃金）の発生時間は「１週間の法定労働時間（40時間）×清算期間の暦日数/7」を超過した時間からとなります。

4月は歴日数が30日なので当てはめると、「40×30/7＝171.4時間」となります。
※厚生労働省フレックスタイム制での1ヵ月の法定労働時間の総枠ホームページ（6ページ）
https://jsite.mhlw.go.jp/yamagata-roudoukyoku/content/contents/000382401.pdf

4月の勤務実績での総労働時間が250時間から171.4時間をマイナスすると78.6時間が時間外労働（割増賃金）となり、78.6時間から60時間をマイナスした18.6時間が60時間を超過した時間外労働となり別途割増が発生します。また深夜の時間帯に労働していた場合は、深夜労働時間の割増も必要となります。そして4月の所定労働時間数を超過してから171.4時間までの時間は法定時間内となり割増は付かないものとなります。算出時には歴日数は月によって異なりますので、注意が必要になります。

また完全週休２日制のフレックスタイム制の場合、清算期間での総労働時間が法定労働時間の総枠を超えてしまう場合があります。（残業していないのに時間外労働が発生する）この場合は労使協定を締結することによって、「清算期間内の所定労働日数×８時間」を労働時間の限度とすることが可能となり、会社として不都合な割増賃金を払うことを解消することができます。