1年超の海外赴任とのことですので、当該社員は非居住者となります。
必要な手続は下記がございます。

①労働保険
労災保険については、海外派遣者に該当するため特別加入の手続を行うこととなります。
加入希望日の30日前までに特別加入申請書（海外派遣者）を労基署へ提出し、送付される申告書により保険料を納付します。

雇用保険は引き続き加入となりますので、特に行う手続はございません。

②社会保険
引き続き加入となりますので、社員本人については特に行う手続はございません。
ただし社会保障協定が締結されていないため、原則として赴任先の国の社会保障制度にも加入することとなります。

被扶養者は海外赴任者の同行家族のため、海外特例要件該当の申出を行うこととなります。
被扶養者異動届・被扶養者現況申立書に下記の添付が必要です。
1．赴任先の国の公的機関が発行する、被保険者との続柄が確認できる書類
2．赴任先の国の公的機関または勤務先が発行する収入証明
3．翻訳者の署名が入った1，2の日本語訳文
4．別居の場合、仕送り額が確認できる金融機関発行の振込依頼書または振込先の通帳の写し

③住民税
本人から住所地管轄の市区町村へ海外転出届を提出することとなります。
住民税は1/1時点で国内居住の者に課税されますので、6月～翌年5月の住民税は納付が必要です。
赴任後も貴社より支給される給与から控除する方法で問題ございません。
翌年6月以降は非課税となります。

④年末調整
年の途中でも、出国前に年末調整を行う必要があります。
出国前に支給された給与が年末調整の対象となります。
社会保険料や生命保険料などの保険料控除は、出国前に支払われたものに限り含めることができます。
その後は赴任期間中、年末調整対象外です。

なお住宅借入金等特別控除は、原則海外赴任中は適用されませんが、帰国後に再度適用を受けられる場合があります。
そのためには、海外赴任前に住所地管轄の税務署にて住宅借入金等控除の中断手続を行っておく必要がございます。
提出書類は以下となります。
・転任の命令等により居住しないこととなる旨の届出書
・未使用分の、住宅借入金等特別控除申告書（税務署から交付されている場合のみ）
控除期間は延長されませんので、再入居後に残存控除期間がある場合に限り適用されます。
再入居した年に自宅を賃貸していた場合は、翌年から再適用となります。