お問い合わせの件ですが、確定申告時に、給与以外の所得についての住民税の徴収を特別徴収で選択したものかと存じます。

給与分（給与や公的年金等）以外の所得がある方が確定申告を行った場合、給与分以外の所得の住民税については徴収方法（特別徴収もしくは普通徴収）を選択することが出来ます。
ここで普通徴収を選択すると、給与分の住民税と給与以外分の住民税を分け、給与分以外の住民税を普通徴収とすることが出来ます。

今回の場合、この選択を誤って特別徴収にしたとのことですので、そのままでは６月に会社に決定通知書が届く際に、給与分とそれ以外の所得分を合算した住民税額が特別徴収額として届く形となります。

こういった場合は、会社の方では対応することが出来ません。対象の従業員の方が、管轄の市町村（住民票登録のある住所）に直接申告する必要がございます。

確定申告の結果は管轄の市町村に連絡され、その結果をもとに住民税額が決定されます。
その決定前であれば、ご本人様からの申告により、給与分とそれ以外の所得分で徴収方法を分けられる可能性がございます。

ただし、すでに住民税額が決定されてしまっている場合は徴収方法を分けることは出来なくなるかと存じます。
その場合は、給与分とそれ以外の所得分を合算した住民税額が決定通知書にて届く形となりますので、原則としては特別徴収にてご対応頂く形となります。

ただし、給与分とそれ以外の所得分についての住民税を合算した結果、住民税額が給与から引ききれない金額になるケースがございます。
この場合は特別徴収が難しくなってまいります。対象の従業員様とご相談の上、給与所得者異動届を市町村に提出し、普通徴収に切り替える形でご対応されるのがよろしいかと存じます。

管轄の市町村様により、ご対応頂ける時期や範囲が異なる場合もございます。
確定申告から住民税額の決定までは短い期間ですので、まずは従業員の方にお話しし、早急に市町村様に相談するようにご案内して頂くようにお願いいたします。