労働関係書類の保管期間については、労働基準法109条にて、「使用者は、労働者名簿、賃金台帳及び雇入、解雇、災害補償、賃金その他労働関係に関する重要な書類を３年間保存しなければなりません。」と定められています。
また、その書類保管の起算日については、労働基準法施行規則56条にて、
一 　労働者名簿については、労働者の死亡、退職又は解雇の日
二 　賃金台帳については、最後の記入をした日
三 　雇入れ又は退職に関する書類については、労働者の退職又は死亡の日
四 　災害補償に関する書類については、災害補償を終つた日
五 　賃金その他労働関係に関する重要な書類については、その完結の日
と定められています。
今回の場合、出退勤時間等の表記のある書類とのことですので、労働関係に関する重要な書類として3年間保存しておけばよいでしょう。
3年経った書類の処分について社内ルールが決まっていないようであれば、法定期間を過ぎた書類は処分するのか、保管をするのか、PDFとして保存するのか等定めておくとよいでしょう。
しかし、法定期間を超えた書類について再び見返すケースはほとんど発生しないため、法定期間を過ぎたことを理由に処分してしまうことをお勧めいたします。

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