精算手段として経費精算ワークフロー等で精算しても問題はありませんが、実費精算の対象月給与上に含める必要があります。

通勤手当は、労働者が自宅と就業場所(所属事業所)との間を往復するために公共交通機関等を利用するのに要する費用として、賃金の一部として「通勤手当」として賃金規程に準じて支給しており、定期券代支給の通勤手当であっても出社回数に応じた実費精算であっても厚生年金保険料や健康保険料などの社会保険料の計算においては、通勤手当および実費精算であっても報酬に含めます。

一方、業務に付随して移動する際に発生する交通機関の料金（電車、バス、飛行機、タクシー、車移動の駐車場代）などの交通費がありますが、こちらは、経費の扱いとなり所得税の課税対象ではなく社会保険料の計算における報酬にも含めません。

社員が立替えた実費精算を行うという点は同じでも、従業員が会社へ通勤するために支出した費用は通勤費（人件費）、従業員の出張や営業など業務上の移動に要した費用は、交通費（経費）と分けて管理される必要があります。