産業医への報酬については所得税法上、給与課税となっておりますので貴社におかれましても給与にて処理をされているかと存じますが、おそらく実態としては 事業主による指揮命令や、時間拘束があるということはなく、産業医の方に労働者性はない状態かと思います。
労働保険の対象となりますのは労働者に支払われる賃金に対してとなりますので、給与として処理されていても労働者性のない産業医の方の分については労働保険料申告の際は対象外となります。

なお、医療法人がその勤務医を産業医として派遣した対価として受領する委託料は、医療法人のその他の医業収入となるものであり、課税の対象となります。
また、開業医（個人）が事業者から支払を受ける産業医としての報酬は、原則として給与収入となり、消費税は不課税となりますのでご注意ください。