ご質問のケースですと、年度更新の修正申告を行うことになるかと存じます。
修正申告は、修正前の金額を納付した場合でも手続きが可能です。

修正申告の仕方ですが、まず正しい結果を集計しなおす必要があります。
再集計し終わりましたら、正しい結果を反映した申告書を作成します。
紙申請で行う場合、右上の空いている箇所に【修正申告である旨】を記載します。
電子申請で行う場合は、添付書類として【修正申告理由書】を添付します。
添付書類に記載する内容は以下の通りです。

添付書類に記載する内容は以下の通りです。
・修正理由
・修正箇所
※修正前と修正後の値を記載するとわかりやすいかと存じます。

労働局の審査が終わり受理されますと、保険料が通知されます。
通知された保険料と、納付済の保険料の差額を記載して納付をすれば手続き完了となります。
納付ですが、修正前の金額を既に納付されているとのことですので、新たに納付書を請求する必要がございます。
納付書は、最寄りの労働基準監督署及び労働局で入手できます。
ただし、事業所の所在地である都道府県のものしか使用できないので注意してください。