結論から申し上げますと、時間単位の有給休暇を1日に複数回取得可能であることを就業規則等に明記する必要はございません。（もちろん記載をすること自体に問題はございません。）

時間単位の有給休暇を取得可能とする場合は、下記4点について労使協定を結んだうえで就業規則上に明記されていれば法律上問題なく運用することができます。

①時間単位年休の対象労働者の範囲
②時間単位年休の日数
③時間単位年休1日の時間数
④1時間以外の時間を単位とする場合はその時間数

ご質問内容から鑑みるに御社では1時間単位で有給休暇を取得することが可能と思われますため、3時間分の時間単位の有給休暇を取得したものとして取り扱うことで足りるでしょう。

また、通達の「時季変更権との関係」の欄において、「あらかじめ労使協定において時間単位年休を取得することができない時間帯を定めておくこと、所定労働時間の中途に時間単位年休を取得することを制限すること、一日において取得することができる時間単位年休の時間数を制限すること等は認められないこと。」とございます。（平成21年5月29日基発第0529001号）

以上により、事業の正常な運営を妨げるものでなければ、就業規則に明記がなくても従業員の希望通りに1日に複数回の時間単位の有給休暇の取得を認めることがよろしいと思われます。