1ヶ月単位の変形労働時間制の協定届は、事業所で1枚を届出すれば問題ございませんので、業務の種類が複数ある場合でもそれらを1枚の届書に記載することでまとめることができ、従業員代表の方も1名で問題ございません。
また、1枚の届書に複数の業務を記載することで、記載欄である休日と最も長い日の労働時間数をどのように記載するかということがあるかもしれません。
休日に関しては、業務ごとにパターンが異なるのであれば欄に記載しきれないことも考えられます。その場合は、実際のシフト表を添付し「別紙のとおり」と記載することで足ります。最も長い日の労働時間数については、その名のとおり記載する業務の中で最も長いシフト時間数を記載すれば問題ございません。

補足となりますが、協定届で従業員代表をまとめるにあたり、協定書によって1ヶ月単位の変形労働時間制を運用している場合、その協定書も協定届と同じように事業所で1名とまとめておく方が規定類の整備として良いかと存じます。また、1ヶ月単位の変形労働時間制を導入した当時にはなかったが新たに適用となった業務や対象業務として記載漏れしている業務がないこともご確認いただけると良いかと存じます。