通勤手当は支給する際、就業規則等に規定を定めこれに基づき支給をするものです。通勤手当は社会保険の算定対象となる報酬に含めるものとされています。毎月支払われる場合はその額、3か月または6か月単位で支給される通勤手当は月額に換算して報酬に含めることになります。
通勤手当が実費の場合、基本的に毎月変動する金額となりますがその額を社保報酬（通勤費）として算入する必要があります。

ご質問の資格取得時の決定の際に算入する通勤手当の額は、通常上記の月額になりますが実費の場合はあらかじめ会社で決めていただく金額になります。1か月定期代相当額としていただいても構いませんし、同部署の社員の直近の実費通勤費平均額や、今後予想される出社日数からおおよその実費額を算出したものでも結構です。徒歩通勤等の理由で通勤手当の支給が発生しない場合を除き、支給額がゼロ円ではない限り算入いただく必要があります。具体的な算出額は会社の判断にゆだねられていますので、会社にてルールを決めていただくことをお願いします。

毎月の取り扱いに関しては、通勤手当を実費額支給しその相当額を定時決定（算定基礎届）や随時改定（月額変更届）に記載する報酬月額に含めてください。こちらは経費とは別にしていただく必要があります。出張や営業交通費など経費として精算されるものは含みません。

では、随時改定の場合に考慮する固定的賃金の変動はどのように考えればよいでしょうか。
通勤手当の実費支給は毎月変動が発生しますが、改定の条件の1つであるいわゆる被保険者の報酬が昇（降）給等した場合の固定的賃金の変動に該当するわけではありません。
あくまでも固定的賃金の変動に通勤手当が該当するのは1か月定期代（3か月または6か月定期代）や往復運賃、マイカー通勤者に対してのガソリン代などの単価そのものが変更になった場合に固定的賃金の変動として扱うことになります。随時改定（月額変更届）は固定的賃金の変動があることが改定の条件となりますので注意が必要です。（従前と比べて2等級以上の差がある等その他の条件についてもご確認ください。）

通勤手当を実費で支給する場合は定期代支給と異なり、実態に沿って正しく報酬月額に含めていただくようお願い致します。