専門型裁量労働制を導入するにあたり、まず適用させる業務が法令に定める19の対象業務（労働基準法施行規則第24条の2の第2項と、同項第6号により厚生労働大臣が指定する業務を定める平成9年2月14日労働省告示第7号）であるか確認する必要があります。

ご質問のエンジニア職（情報処理システム（電子計算機を使用して行う情報処理を目的として複数の要素が組み合わされた体系であってプログラムの設計の基本となるものをいう。）の分析又は設計の業務）ですと、要件は以下になるかと思います。

「情報処理システム」について…
情報の整理、加工、蓄積、検索等の処理を目的として、コンピュータのハードウェア、ソフトウェア、通信ネットワーク、データを処理するプログラム等が構成要素として組み合わされた体系をいうものであること。

「情報処理システムの分析又は設計の業務」について…
1.ニーズの把握、ユーザーの業務分析等に基づいた最適な業務処理方法の決定及びその方法に適合する機種の選定
2.入出力設計、処理手順の設計等アプリケーション・システムの設計、機械構成の細部の決定、ソフトウェアの決定等
3.システム稼働後のシステムの評価、問題点の発見、その解決のための改善等の業務をいうものであること。
※プログラムの設計又は作成を行うプログラマーは含まれないものであること。

対象業務が上記に該当していた場合、必要事項を労使協定で定めた上で様式第13号により、所轄労働基準監督署長に届け出る必要があります。既に研究職について専門型裁量労働制を適用させているとのことですが、新しく対象にさせたい業務がある場合は、そちらについても労使協定を作成し届け出が必要となります。ただし、既に届け出しているものを修正して出しなおす必要はありません。

最後になりますが、専門型裁量労働制とは業務遂行の手段や方法、時間配分等を大幅に労働者の裁量に委ねる制度になります。新入社員に適用させる場合は、そのあたりご留意の上導入を検討してください。