労働基準法では、原則、日ごとに、1分単位で計算することとされています。
処理の方法としては、下記のいずれかの方法が良いかと思います。
　　　　①月単位で集計し、1秒以上を切上げる
　　　　②月単位で集計し、29秒以下を切捨て、30秒以上を切上げる
　　　　③そもそも、「秒」まで打刻されないようにしてもらう

労働基準法では「秒」まで計算することまでは定められておりませんので、
切り捨てて計算しても違法にはなりませんが、
打刻されている以上、1か月で合計したときの時間数を上記①や②のように
端数処理を行い、支給することが望ましいと考えられます。

逆に、控除する場合は、ノーワークノーペイの原則に基づいて、
「労働しなかった時間を超える賃金の控除」は全額払いの原則に反することになります。

例えば、控除を30分単位で行う場合で、ひと月の遅刻時間数が1時間20分だった場合、
控除は1時間として控除しなければならず、1時間30分として控除する方法は認められていません。
1分単位で控除するのが望ましい鵜運用方法と考えられます。

また、そもそも「秒」まで打刻されていなければ、集計する必要がないため、
「秒」まで打刻されないようにクライアント側に依頼していただくのが、これからの運用上、
良いと思います。

ちなみに、下記の方法は労働基準法第24条の賃金全額払いの原則に違反しないとされています。
・1か月の給与額で、100円未満の端数処理として、50円未満を切捨て、それ以上を100円に切り上げる方法。
・1か月の給与額で、1000円未満の端数がある場合、この端数のみを翌月の給与支払い日に繰り越して支払う方法。

※参考：昭和６３年３月１４日 基発第１５０号より