支給申請時に提出する休業協定書の休業手当の算定基準の記載につきましては、「休業期間中の休業手当の額が、労働基準法第26条（平均賃金の6割以上）に違反していないもの」であれば、受給に問題ございません。

労働基準法26条に定められている休業手当の支払いについては、ご認識の通り、月給者の平均賃金の算定に暦日数を用いることを原則としておりますが、雇用調整助成金の助成額においては、労働基準法26条の原則ではなく、別途、厚生労働省にて定める算式が用いられます。
この算式においては、原則的に、暦日ではなく所定労働日数を用いて平均賃金を算出し、助成金が交付されることとなります。
（ただし例外として、「助成金申請における休業協定書で定めた式で、所定労働日数以上の数を分母とする場合」は、暦日数を分母として平均賃金と交付額が算出されます。）

労働者へ支給する休業手当の算定にあたり、一般的に、所定労働日数を用いると1日あたりの金額が多くなりますが、雇用調整助成金の助成額も高くなるため、労使ともに有利となる場合があります。
雇用調整助成金の助成を見込む休業については、労働基準法に準拠する額として一律的に協定を行う前に、いちど休業手当の内容の検討をいただくことをお勧めします。

ご参考：厚生労働省「雇用調整助成金支給要領」
https://www.mhlw.go.jp/content/000609108.pdf