割増賃金算定の際に除外できる手当は、労働基準法第37条第2項、施行規則第21条により、次の手当に限定されています。

①家族手当　　②通勤手当　　③別居手当　　④子女教育手当　　⑤住宅手当
⑥臨時に支払われた賃金　　⑦1ヶ月を超える期間ごとに支払われる賃金

上記のものは限定列挙のため、いずれにも該当しない手当は、全て算入しなければなりません。
固定残業手当は、上記には該当しませんが、ただし固定残業代としての内訳が規則に明記されていて、実際の時間外労働相当額が固定残業手当額を超えた場合には、その不足額が支払われるのであれば、当該手当は時間外労働に対する割増賃金であることに変わりないので、算定基礎から除外して良いと解釈されます。

また、最近での労働基準監督署の調査では、本人への通知（労働条件通知書への記載）、給与明細書への明記等されているかという点まで見られますので、その点も含めて確認をするようにしてください。