実際の状況によりますが、会社が「出社しないように」、と通達したのであれば、基本的には休業手当が必要になります。一方で不可抗力であれば休業手当は必要ないという判断になります。

計画運休によって絶対的に業務を行うことができない、ということが明確であれば休業手当は必要ないでしょうが、一概に計画運休がおこなわれたことだけをもって業務ができないことにはなりませんので、計画運休があった場合においても、休業手当は必要なことはあるでしょう。

なお、休業手当の代わりに年次有給休暇で処理することについては、会社の側でおこなうことはできません。
例外として、従業員本人の希望があり、有給休暇取得の申請があった場合においては、これを認めることはできますが、会社が一方的にその取得を命じることはできません。

なので、基本的には、会社が休業を命じた場合には、休業手当の支払いが必要であり、例外として、本人が有給休暇の申請をおこなったのであればそれを認めることもできる、ということになります。

今後もこのような自然災害による従業員の就労に対する影響は少なからずあるかと思いますので、これを機会に就業規則等で対応を定めておくとよいでしょう。