まず、休日労働については、代休と振休で取り扱いが変わります。

代休の場合、代休を取ったとしても該当する勤務が休日労働である事実は変わりません。
一方、振替休日の場合、休日と労働日の交換という位置づけになるため、該当する休日の勤務は、通常の勤務日と同様に取り扱われます。
ただし、振替休日の成立要件として事前に期日を指定している必要があります。事後的であった場合は振替休日ではなく代休として扱われるため、休日労働時間に含みます。