みなし残業手当を個人別に設定することは何ら問題ありません。

みなし残業時間を廃止する場合、減額分のみなし残業代を基本給に組み込み、総支給金額は、変更前の金額と同額となるように調整する方法をお勧めしております。

このとき、業務量が従来通りのままである場合、残業時間は従来通りのままとなる可能性が高く、みなし残業代を廃止した後は、従来のみなし残業代を基本給に組み込んでいるため、残業単価が高くなり、支給するべき残業代は高くなります。

そこで、社員個別に業務量の過不足の確認を行い、勤務時間内で収まるよう業務調整を行うことや、業務量に比べて時間がかかっている社員に対しては、何が問題になっているか確認を行うことなど、精査を行うことが望ましいです。

そのうえで個別の残業時間を把握し、直ちにみなし残業代を廃止することで、残業代増加による人件費の高騰が見込まれる場合は、移行措置として、社員個別にみなし残業時間を設定し、複数年かけて業務の調整もしくは本人の業務能力向上などと併せて、段階的にみなし残業代を廃止していくことをお勧めいたします。

また、どうしても残業時間を調整できない場合も想定して、残業代の増加見込み金額をシミュレーションしておくことも重要です。