就業規則に従って休職満了による自然退職という対応は特に問題ございません。
しかし、社員と連絡が取れない場合、本人が意図的に連絡を取ることを拒否している可能性も考えられますが、病気や体調不良でどうしても電話に出ることができない、また事件や事故に巻き込まれているという可能性も考えられますので、安否確認をするためにも複数の手段で連絡を取り続ける必要です。たとえば以下のような対応が考えられます。


（１）電話やメールで連絡をとる
（２）電話やメールでの連絡がとれないようであれば上長が自宅まで訪問する
（３）自宅まで訪問してもご本人と会うことができなければご家族、緊急連絡先の方に連絡をし状況を説明した上でご本人と連絡が取れるよう手配してもらう
（４）ご本人が受け取ったという記録が残る内容証明等で連絡を取りたい旨を伝える

またいつ、どんな手段で連絡をとったのかということを記録に残しておくとよいかと存じます。

上記のような対応でご本人と連絡がとれず現状把握・意思確認ができない場合、期限を決め、それまでに連絡がとれなければ、就業規則に従って対応をする（懲戒、自然退職、解雇等）旨を、こちらも内容証明等記録が残る形で連絡をするという対応を取るとよいでしょう。