産業医への報酬については所得税法上、給与課税となっておりますので貴社におかれましても給与にて処理をされているかと存じますが、おそらく実態としては 事業主の指揮命令にしたがったり、時間拘束があったりということはなく、産業医の方に労働者性はない状態かと思います。
労働保険の対象となりますのは労働者に支払われる賃金に対してとなりますので、給与として処理されていても労働者性のない産業医の方の分については労働保険料申告の際は対象外となります。