会社の判断のみで控除しますと賃金の「全額払いの原則」に反することとなり問題となりますが、ご本人からのお申し出ということであれば法的に問題になることはございません。
給与所得者異動届出書を「該当月より一括徴収」でご提出いただき、納付額をご計算の上お振込みください。

このような休業開始・終了にあたっての給与処理については、個人によってご希望が変わってくるものですので、今後会社としてどのような対応ができるか、休業に入られる前に面談等の機会を設けてご本人にご説明の上、処理方法を確認し、同意書を交わしておくことが重要です。

尚、御社の給与計算システムの詳細に関してはわかりかねるところではございますが、過去にご対応された手当の返納と取り扱いは異なります。
単純に支給額から住民税を調整されてしまいますと、所得税や社会保険料等の計算が正しく行えないことが考えられますので、計算については慎重に行っていただければと存じます。