まず専門業務型裁量労働制ということですので、原則遅刻早退について懲戒処分とすることは、「業務の性質上、業務遂行の手段や方法、時間配分等を大幅に労働者の裁量にゆだねる」という裁量労働制の趣旨に反してしまいますのでできません。

ただし、以下のようなことに該当している場合は程度によって懲戒処分も可能だと考えます。

・無断欠勤をしている場合
・勤怠不良により期待するパフォーマンスを発揮できず納期に遅れが生じたり、納品物のクオリティが下がったりし、会社に損害を与えている場合
・もし就業規則に日報等の提出が必要とされている場合で、その日報等を提出していないことがしばしばあるとき

ご質問のケースの場合、無断欠勤をしているようですので、口頭で何度も注意しても改善せず、注意書等の書面による注意をしても改善しないような場合には、御社就業規則の定めにしたがい懲戒処分とすることも可能だと思います。
また、勤怠があまりにも不良な場合については、とてもその労働者に労働時間等を自主的な裁量にゆだねることはできないと考え、本人と話し合いの上、裁量労働制の対象から外し、労働時間を管理し、それでも勤怠不良があるようなら、懲戒処分とするということも選択肢の一つだと考えます。