「みなし残業時間」を固定の時間外手当を一定程度時間分として支給する、という意味で使われている場合、
「時間を増やす=固定残業手当を増額する」ということが前提になるかと思います。
その場合には、固定残業手当はあくまでも手当としていわば残業代を先払いする形となりますので、個別社員への周知は辞令等による周知で特段問題はありません。
ただし、通常給与規定にみなし時間を記載する必要がありますので、みなし時間の修正、従業員代表の意見書の取得、労基署への届け出は必要となります。

なお、みなし残業時間を減らす場合には、固定で支払われる手当額が減額することになりますので、社員にとっての不利益変更となります。事前の改定趣旨の説明、個別雇用契約の再締結を行い個別同意を得ることで、労使間トラブルの抑止を行う必要があります。
場合によっては、月の固定給減額に対する移行措置として、調整手当などの対応も検討する必要もあります。