御社の始業終業の時刻にもよりますが、所定労働時間に深夜時間を含まない一般的なものでしたら、深夜作業時間については、1時間当たり時間外労働時間として時間単価に1.25を乗じた額と、深夜割増として時間単価に0.25を乗じた額を支払う必要があります。

ご質問本文中の貴社就業規則の内容とみなし残業手当の算出方法から、深夜作業分として支払われるもののうち時間外労働時間分の1.25を乗じた部分については「時間外労働時間の合計30時間」に含めて考えることとなりますが、深夜割増については別途支払う必要があります。

また、「土、日、祝日の休日出勤時間」について、1日の残業時間と同様にしてみなし残業時間を考えていらっしゃるようですが、法定休日労働時間については、法定休日割増として1.35倍以上の割増率が必要です。
もし法定休日労働時間も同様に考えている場合には、法定休日労働分の割増手当が正しく支払われていないことになりますので、法定休日労働時間については除くように運用の見直しを行う必要があると考えます。