年次有給休暇を付与する際には、ご認識の通り育児休業中も出勤したものとして出勤率の算定を行う必要があります。
＜出勤したものと取り扱う日数＞
　(1)業務上の負傷・疾病等により療養のため休業した日
　(2)産前産後の女性が労働基準法第65条の規定により休業した日
　(3)育児・介護休業法に基づき育児休業または介護休業した日
　(4)年次有給休暇を取得した日

上記の(3)は、育児・介護休業法に基づく育児休業のみであり、子が1歳（保育所がみつからない等、当該子の 1 歳到達日後の期間について休業することが雇用の継続のために特に必要と認められる場合として厚生労働省令で定める場合に該当する場合は1歳6ヶ月）までの期間となります。
したがって、会社が3歳まで休業を認めている場合でも、1歳6ヶ月を超えた期間については出勤したものとして取り扱わないとしても労基法上は差し支えありません。

ただし、1歳6ヶ月までの間に付与された有給休暇は育児休業期間中に消滅してしまう可能性が高く、新たな有休の付与もされない場合、育児休業から復帰した際に有休の残日数が0日となっていることも考えられます。
会社として社員のために何かしら対応を考えたいということであれば、3歳までの育児休業期間中も出勤したものとして取り扱うのか、もしくは育児休業期間中に消滅してしまった有休を特別に認めるなど、取扱を決めておくことが望ましいと思われます。