「書面によらなければならない」とされている源泉徴収に関する申告書の提出を、電磁的方法で代用するために必要な書類の提出の手続です。
電磁的方法では、作成から保存の一貫したデータ管理をすることとなり、過程での紙・手書きによる方法をとることは認められません。
紙資源・スペースの削減を目的として、社内ＬＡＮ等の電子環境や入力用フォーマット等の手配に差支えがない場合は、効果的な運用が可能かと存じます。

手続として、「源泉徴収に関する申告書に記載すべき事項の電磁的方法による提供の承認申請」を所轄税務署へ提出し、問題等なければ、提出日の月の翌月末に承認されます。（12月から運用を開始する場合は、10月末日までの届出が必要です。）
具体的には税理士の方へお尋ねください。

マイナンバー対応においてクラウドシステムの導入が進む流れの中では、年末調整申告書類も電磁的方法での収集の運用は増えていくものと思われます。