基本的に資格取得時の報酬は残業等の見込めるものを含めて届出を行いますが、どの程度見込むか、金額等は会社の判断に任されています。
また、判断する基準としては以下のとおりです。

<通勤費は確実に支給されるが、金額が確定していない場合>
確実に支給される場合は会社側でおおよその金額を見込み、報酬月額に含めて届出を行う。

<通勤費が支給されるかどうかが、実際に勤務してみないとわからない場合>
支給の有無が不確実の場合には、取得時に報酬月額に含める必要はない。実際に支給された段階で固定的賃金の変動があったものとして、月額変更の対象となるか判断を行う。

また、取得時訂正については、計算ミス等があった場合に行う処理ですので、基本的に見込額と支給額に差があった場合でも、取得時訂正を行う必要はありません。