有給休暇としては、有給休暇を取得している日に短時間であっても出勤(勤務)した場合は、その日は原則として1日分の有給休暇を取得したことにはなりません。
勤怠としては、実際に勤務した時間を通常の労働時間として扱います。

なお、1日のうち一部の時間だけ勤務した場合、出勤しなかった時間をどのように扱うかについては法令上、一律の処理方法が定められているわけではありません。半日単位の有給休暇や時間単位の有給休暇を利用できる場合には、本人の希望も確認したうえで、それらを利用する方法も考えられます。

これらを利用しない場合には、勤務しなかった時間の勤怠や賃金の取扱いについて、出勤をお願いする時点で本人に説明し、あらかじめ整理しておくことをお勧めいたします。もともと1日有給休暇を取得する予定であった社員が、会社からの依頼に応じて出勤するという事情も踏まえ、本人に不利益が生じないよう取扱いを検討することが望ましいと考えます。
ただし、当日に会社の判断で勤務を終了させるなど、勤務しなかった時間が会社都合による休業となる場合には、休業手当の支払いが必要となる可能性があります。

また、今回1日分の有給休暇として取得した扱いにならなかった場合は、半日単位や時間単位の有給休暇として処理した分を反映したうえで、残りを有給休暇の残日数として管理します。年5日の取得義務の対象となる社員については、半日単位の有給休暇は取得日数に算入できますが、時間単位の有給休暇は算入できないため、必要な取得日数を確保できるかも確認しておくとよいでしょう。

このようなケースでは、実際の勤務時間、勤務していない時間の取扱い、有給休暇の残日数をそれぞれ分けて整理することが重要です。