管理監督者は自身の裁量で業務を行うことになり、労働基準法で定められた労働時間、休憩、休日の制限を受けま
せん。そのため遅刻早退という概念はなく、遅刻早退での控除は行えませんが、所定労働日に勤務をしなければならない、という就労義務はありますので欠勤の場合はノーワークノーペイの原則に従い欠勤控除は可能です。そのため従来の対応に問題はありません。

一方でフレックスタイム制についてですが、管理監督者は労働時間等の適用を受けないことから、そもそもフレックスタイム制という枠組みの対象となりません。そのため所定労働時間勤務していないとなってもその不足分の控除という話が生じないこととなります。ただし、従来通りの欠勤控除は可能です。
しかしそうしてしまいますと一般社員は欠勤が生じても結果、不足時間が生じていなければ賃金控除をされない一方で管理監督者は１日欠勤しても控除が生じるということになりますので、不公平感などが出やすいかと思います。
フレックスタイム制導入とあわせそもそも管理監督者の欠勤控除をするのか、という点もご検討いただき、１日単位で欠勤控除を行うのではなく「どのくらいの期間休んだ場合に管理監督者としての職務を果たしていないことになるか」などの視点から欠勤控除を発生させる（もしくは発生はせず評価等に反映）などのルールを決めるのがよいと考えます。