結論としては、感染者については休業手当の支払いの義務はありません。法律上は以下のような説明となります。

会社と従業員の間には、雇用契約（労働契約）が成立していることにより、従業員には会社のために働く義務が生じ、会社は仕事をした従業員に対して給与を支払う義務が生じます。従業員が会社のために働かなかった場合、給与を支払う必要はありません。（ノーワークノーペイの原則）

次に理由は何であれ従業員が休んだ場合、会社は給与を支払わなくてもよいかというとそうではありません。民法第536条第2項により、「債権者（会社）の責めに帰すべき事由」によって、債務を履行することができなくなった（休業した）ときは、会社は従業員に対して給与を支払わなくてはなりません。また、労働基準法第26条によると、「使用者の責に帰すべき事由」による休業に対し、使用者は平均賃金の60％以上の手当を支払わなければなりません。

上記の民法と労基法の両方に登場する「責めに帰すべき事由」という言葉の意味は同じではなく、民法では「債権者（会社）の故意・過失または信義則上これと同視すべき場合」となっており、労基法ではより広く使用者側に起因する経営・管理上の障害も含む（使用者にとってはハードルが高い）とされています。

これらを踏まえたうえで、コロナに感染した従業員については、指定感染症に指定されたため都道府県知事が行う就業制限の対象となり、これに基づいて休業する場合は、上記民法及び労基法のいずれについても「使用者（債権者）の責に帰すべき事由には当たらない」とされ、会社は休業手当を支払う義務を負わないとされています。

なおこの場合、健康保険の傷病手当金の要件に該当すれば、傷病手当金が支給されます。また、感染者本人の休業について休業手当の支払いの義務がありませんので、雇用調整助成金の対象とすることはできません。感染者ではない人の休業については、従業員が自主的に休む場合は通常の病欠と同様の扱いをすればよく、会社で一律に従業員に休んでもらう措置をとる、いわゆる会社の自主的な判断で休ませる場合は「使用者の責に帰すべき事由」に当たり、休業手当を支払う必要があります。また、会社が一方的に年次有給休暇を取得させることはできませんのでご注意ください。