臨検での指摘による遡及清算にあたっては、未払いの内容に悪質性があるか、現在改善されているか、会社の支払い能力、などの点より総合的に判断され決定されます。
なお、社員からの遡及精算の請求があった場合には、請求できる期間の時効は2年となります。

ただし、2020年4月1日施行の改正労働基準法によって、時効が5年（当面の間は3年）に延長されました。今後実際に3年以上遡及請求できるのは2022年4月以降となります。

未払い清算が発生することで、結果的に会社としては一次的に金銭的・時間的負荷が非常に大きくなりますので、日ごろより自社の賃金支払いのルールを把握し、正確な処理を行うことが重要になります。
会社には労働時間を把握する義務が課されています。今ある勤怠管理ツールを上手く活用し、正確な労働時間を把握するようにしましょう。
また、リモートワークにも対応する必要がある会社においては、スマホやタブレット端末からも打刻できるシステムを備えたものを利用するなど、管理ツールの再検討や新たな導入等も必要かもしれません。


民法改正に伴う労働基準法の一部改正（2020年4月1日）
民法改正に伴う労働基準法の主な改正は、以下のとおりです。
◆賃金請求権の消滅時効 ： 2年 → 5年（当分の間3年） ※現行労基法115条の対象となるもの
・金品の返還 ・賃金の支払 ・非常時払 ・休業手当 ・出来高払制の補償額
・時間外、休日労働に対する割増賃金 ・有給休暇中の賃金 ・未成年者の賃金請求
◆付加金の請求期間 ： 2年 → 5年（当分の間3年） ※対象となる違反
・解雇予告手当 ・休業手当 ・割増賃金 ・有給休暇中の賃金
◆賃金台帳等の書類保存義務 ： 3年 → 5年（当分の間3年） ※労働基準法109条に規定の記録
・労働者名簿 ・賃金台帳 ・雇入れ、退職、解雇に関する書類 ・災害補償に関する書類
・賃金その他労働関係に関する重要な書類（出勤簿等）
なお、退職手当請求権（5年）、災害補償、年次有給休暇の請求権（2年）は現行の消滅時効期間を維持されています。
他にも雇用関係や身元保証、法定利率、中間利息控除については、人事労務管理分野に影響を及ぼすものがありますので、一度改正民法を目を通しておくことをお勧めします。