年次有給休暇（以下「有休」とします。）とは、労働義務を免除されることから、当該研修が業務命令によるものか否かにより判断されます。

質問文より、研修の所要時間や開催時間帯がわからないため一般論となってしまいますが、当該研修が業務命令によるものであれば、出勤扱いとして有休の日程の変更をしてもらう方がよろしいかと存じますが（労働基準法第39条第5項）、任意参加の社内研修で業務との関連性のないようなものであれば出勤扱いとせず有休のままでもよろしいかと存じます。
ただし、複数回行われる社内研修であれば、今回の日程のみ有休扱いとし、後日の日程は出勤扱いとしてしまうと整合性が取れなくなるため注意が必要です。

今回の場合は当該社員の方も出勤扱いとならなくて良いとのご意向ではありますが、本人のご意向を判断基準とするのではなく、研修の内容により出勤扱いとするか否か判断してください。
そのため、研修の意義を明確にしておくことが大切です。
また、有休扱いとした場合、研修に向かう途中や研修中に怪我をされた場合に労災対応ができないため、万が一の事態に備えて出勤扱いにした方が望ましいかと存じます。


任意参加の研修であっても研修が業務（勤務）扱いになる
次に挙げる研修は「目次の参加命令」に該当するため勤務扱いにするのが妥当である
➢ 安全衛生講習など職場環境の向上につながる
＊全社員が理解する必要があり、その実践が求められる
➢ 担当業務に密接に関係する
＊業務で活用することが求められており、業務に支障が出る可能性がある
➢ 法令や社内規則で受講が義務である、処遇決定などの前提条件である
＊資格取得、安全衛生、ハラスメント、昇進必須研修など
★対象者全員が参加できるように、時間帯や回数を融通することが必要になる

研修の位置づけを認識する
・かつては、研修費用をコストとして捉えるのが一般的であり、効果よりも受講者に評判が高いプログラムという視点になりがちであった
・そのため効果測定の手段は、受講者アンケートが一般的であった
・しかし、昨今では研修をコストではなく「投資」として捉えるようになり、どれだけのリターンがあるのかで、研修予算や研修の実施を検討する必要がある
・効果測定を適正に行うには一定の期間を要するが、研修の内容や対象者に応じて、効果測定方法を使い分けて実際のデータを蓄積していくことで、意義のある研修を見出したい
「事前事後テスト」 「ヒアリング」 「360°評価」 「ROI 分析」